惠州起義後,楊衢雲留港於結志街52號二樓居所內開設私塾教授英文,以養活妻兒。1901年1月10日晚,清廷派出殺手陳林到上址槍殺楊衢雲,據說當時楊為護妻兒而中槍身亡。楊死後被葬於跑馬地墳場,只有一座無名墓碑作記號。幾個月後,另一位留港中堅鄭士良亦於飲宴後中風身亡,當時亦有人估計他命喪毒藥。
據載,雖然與楊素有意見相佐,但當孫先生在海外得悉楊被殺時,亦悲痛萬分。
楊衢雲年少時在聖保羅書院畢業,接受英文教育,經常習武,據載多番出手教訓醉酒生事的英兵,可謂文武雙全。楊先後於招商局洋行和沙宣洋行任職,工餘創立輔仁文社,後再率眾與興中會合併,結合革命力量。
在興中會時期,會內漸漸因領導和「共和制」問題分為兩大陣營,包括有陳少白、鄭士良等支持孫先生的「孫系」,和支持楊衢雲為首領的「擁楊派」,而尢列創立「中和堂」又自成一派,並傾向支持楊衢雲。楊孫二人多次因事爭論至動拳頭,需要旁人分開才能收科。