甲午中日战争失败后，光绪帝（狄龙饰）亟欲达到富国强兵的目的，遂起用康有为（凌云饰）谭嗣同（岳华饰）等改良派知识分子，开始实行维新变法，于一八九八年（清光绪廿四年）六月十一日开始颁布了一系列有利于资本主义发展的维新诏令。那就是近代史上著名的「戊戌变法」运动。
然而，当时的军政实权，乃是掌握在以西太后（卢燕饰）为首的守旧派手里。他们坚决反对变法维新，恳请西太后出面干预。于是，西太后与控制京畿近十万大军之直隶总督荣禄（井淼饰）密谋，计划在十月间，由她亲领光绪帝到天津阅兵，乘机发动政变，迫光绪退位。
面对着光绪帝处境危殆，维新派急商对策。在一个风雨劲急之夜，谭嗣同匆匆去到北京法华寺，面晤倾向于维新的兵部侍郎袁世凯（黄新饰），希望他能负起救护光绪帝的使命，发动兵变，杀掉荣禄，包围颐和园。袁世凯答应在阅兵时相机行事。
讵料，袁世凯乃为善观风色的投机军人，他权衡当时的形势，深知保守派已有充分准备，而维新派则毫无实力，遂见风转舵，往天津向荣禄告密。荣禄立即偕袁世凯入京觐见西太后，部署对策。
谭嗣同既获袁世凯举事的应诺，乃请光绪帝给袁下一道朱谕，以便翌日行动。光绪帝闻谭将采取暴烈手段，吓得目瞪口呆。谭以自杀相胁，要光绪帝将朱谕赐下。光绪终在谭答应放弃过激行动为前题下，写下朱谕。
就在此际，西太后与荣禄已率先发动政变矣！谭嗣同等人闻变大惊，始知遭袁世凯出卖，痛心疾首不已。在光绪帝的催促下，康有为与谭嗣同仓皇逃出懋勤殿。光绪帝落于西太后之手，被幽禁于北京西苑的一处湖心小岛－「瀛台」，珍妃（萧瑶饰）则被打入冷宫。
在「瀛台」孤岛上，光绪忧愤攻心，寝食不安，既怀念珍妃，又惦记康有为。西太后知其孤寂，着晋沣皇后（凌波饰）前往抚慰，期光绪对皇后能有好感，进而改弦易辙，成为太后手中的驯服工具。但光绪对晋沣依然冷若冰霜，晋沣只好委屈而退。
光绪帝急欲逃出「瀛台」，在太监王商的巧妙安排下，潜出该孤岛，先到冷宫来与珍妃相会。珍妃亦鼓励光绪帝逃走，找到康有为，扭转局势。就在两情依依之际，遇一帮太监前来巡夜，处境十分危险。幸好此时瑾妃（陈萍饰）亦来探视珍妃，挺身而出掩护，始使光绪未被太监发觉。惟太监却将瑾妃暗地探望珍妃的行为，向西太后报告。
黎明在即，光绪帝泪别珍妃，由小太监张进喜（汪禹饰）及伺候珍妃的宫女春寿（刘慧茹饰）、春艳（尤慧饰）送行，跟王商一道逃去。迨西太后发觉光绪失踪，立即派人追捕，惟已不知去向，只好将张进喜、春寿、春艳三人抓来拷问。
春寿虽属女流，但不惧酷刑，始终不肯说出光绪帝的去向；而张进喜则怕得要死，只好供出光绪帝的行踪，致光绪与王商卒为袁世凯捕获。西太后接纳了李莲英（苗天饰）的献议，将张进喜、春寿、春艳三人处死；而瑾妃亦被打入冷宫。
荣禄派兵四处搜捕维新党人，有三十多人落网，其中的谭嗣同、扬锐等「六君子」，未经正式审讯便被处死于菜市口。康有为与梁启超幸得逃脱。西太后下令废除一切维新诏令，被光绪罢免的臣僚亦一律恢复原职。至此，历时仅有百天的维新运动，终告完全失败。而西太后也就开始了她的第三度「垂帘听政」。
