九龙寨城的雏型可追溯至1810年大清军队兴建的军事设施九龙寨炮台，初时主要为防守香港地区丶对抗张保仔等一众极强悍的海盗之用。1839年中英鸦片战争爆发前夕，九龙寨更一度与英国商船进行炮战，成功抵抗英人袭击。 　　

香港岛割予英国後，两广总督耆英设「九龙巡检司」进驻九龙寨，负责管治今日九龙丶新界及离岛地区和主理海关税收，令这个平民聚居而成的寨城成为既有武官又有文官驻守的政军重地。鉴於防卫需要，道光帝於1846年御准於九龙寨外围兴建城墙丶环列炮台及建立衙门和兵房，翌年正式成为一座堡垒式的寨城。当时的寨城由「大鹏协副将」镇守，负责今日香港以至大鹏湾的水域，城内约有150名驻兵，并且派员驻於港岛维多利亚城，一面与港英政府作官方联络，一面又收集英方情报。城内的居民以客家石工为主，大部份都来自广东惠州。

第二次鸦片战争後，英国於1861年接收九龙界限街以南之地，以北的九龙寨城变相与英界毗连，已变成防不胜防。1898年列强轮流在大江南北强占土地，清政府被迫租借新界予英国99年，但协议订明九龙寨城除外，城内仍然驻有满清官员和军队，又保留原有码头供官兵出入，自成一国。当时城内共有五百多名官兵及二百多名平民居住。

岂料，1899年英军接收新界时与原居民和清兵发生冲突，英军遂强占九龙寨城，并驱逐城内官兵。此後，寨城一度荒废，後来平民渐渐进驻自行聚居，与城外的寮屋区和古老围村组成一个大型华人村镇。